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研究RNA与染色质构象相互作用的方法
文章信息
题目：HiChIRP reveals RNA-associated chromosome conformation
杂志：Nature Method
时间：2019 June
链接: DOI:10.1038/s41592-019-0407-x
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文章介绍：
lncRNA作用方式多样，其中有许多lncRNA可以利用它们的模块化结构域结合蛋白质、DNA或其他RNA，使它们能够进行长距离的染色质相互作用。尽管在RNA与染色质相互作用的研究中已取得进展，开发了如GRID-seq、ChAR-seq等方法，但是这些方法只适用于大量的RNA。这里提出的HiChIRP方法是利用靶向技术，只关注感兴趣的RNA与染色质的相互作用。
HiChIRP用RNA纯化（ChIRP）富集的染色质分离代替HiChIP方案中的染色质免疫沉淀步骤来识别RNA相关的染色质contracts。由于ChIRP（和类似的方法）需要生物素化探针捕获RNA，因此我们在染色体构象捕获(3C)期间将azido修饰的核苷酸并入染色质contacts中，并且在生物素化探针富集RNA之后，含叠氮的染色质contacts受到无铜二苯并环辛(DIBO)“点击”化学作用从而共价结合生物素进行后续的contracts富集。
每日文献摘要：第7篇 2019年09月27日 周五