Smart-seq3问世

单细胞技术发展的如火如荼,实验方法、算法、分析工具不断迭代更新和完善。瑞典Karolinska Institute 的Rickard Sandberg实验室14年发表了Smart-seq和Smart-seq2,是至今较为流行的单细胞实验方法之一,由于其具有全长转录本覆盖度的优点,由此可以用于研究可变剪接、变异、等位基因、转录本亚型等转录后调控。但是由于其通量低,价格较贵,限制了其广泛的推广应用。而10X Genomics的出现,由于通量高,价格低,迅速占领了单细胞技术的大部分市场。

Smart-seq3相比Smart-seq2具有什么改进呢?

最显著的改进特点就是整合了5‘-UMI定量计数的策略,使通量大幅提高。同时还保留Smart-seq2的优点,就是全长转录本的覆盖度。因此,依然在等位基因和转录本亚型层次上具有巨大的应用。


一句话评价

Smart-seq3——等位基因和亚型分辨率的单细胞RNA 计数

文章信息

题目:Single-cell RNA counting at allele- and isoform-resolution using Smart-seq3

杂志:bioRxiv

时间:Oct. 25, 2019

链接: https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2019/10/25/817924.full.pdf

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文章介绍:

瑞典Karolinska Institute 的Rickard Sandberg实验室于10月25日在bioRxiv上发表了Smart-seq3,在等位基因和转录本亚型的研究中具有独特的优点。为大家熟知的Smart-seq2也是由Rickard实验室开发,具有全长转录本的覆盖度的优点,可以进行等位基因表达谱分析等问题,但是由于通量低,价格昂贵,应用推广也受到一定的限制。Smart-seq3针对Smart-seq2的限制性特点做了改进,依然保留全长转录本覆盖度的优点,同时结合5‘ UMI(unique molecular identifier)的RNA计数策略,与Smart-seq2相比通量显著提高,可以达到每个细胞比Smart-seq2多检测出上千个基因。

另外与全长转录本测序相比,虽然长read测序技术可以直接定量等位基因和亚型的表达水平,但是测序深度阻碍了其大范围应用。而Smart-seq3不仅克服了Smart-seq2的缺点,也克服了长读长测序的缺点,采用灵敏的短读长测序、整合5‘UMI和全长转录本覆盖度的优点,可以在单细胞层面上检测等位基因和亚型的变化,通量显著提高,且价格合理(一个测序细胞文库成本约为0.5-1欧元),可以在普通的分子实验室实现该protocol (dx.doi.org/10.17504/protocols.io.7dnhi5e), 不需要特殊的设备。

期待其他实验室对该方法的尝试和验证,预测该方法在转录后调控研究中将有巨大潜在的应用。

每日文献摘要:第12篇 2019年10月27日 周日

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