从EBI批量下载数据

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ERR地址的规律：差别在于后三个地址，先是ERR number字符串的前6个字符，然后是ERR完整字符串，最后是ERR字符串加上 _1 或 _2

如：

image.png

根据此规律批量从EBI下载数据：

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for i in $(cat ERR_numlist);do wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/${i:0:6}/$i/$i\_*.fastq.gz; done
  • 首先从excel 表格中提取Lane.accession列，即ERR number列，命名为ERR_numlist，然后上传到服务器；
  • 切记所有从windows上传到服务器的文件最好先进行格式转化，否则由于文件格式，容易报错。 dos2unix ERR_numlist
  • ${i:0:6} ：是指输出字符串i的前6个字符， 0 :表示从第几位开始， 6 :表示截取的长度