发表于 | 分类于 |
字数统计: 337 | 阅读时长 ≈ 1

题目：Identification of transcription factorbinding sites using ATAC-seq

DOI: 10.1186/s13059-019-1642-2
杂志/日期：Genome Biol. , 26 Feb 2019
关键词：ATAC-seq; Computational footprinting

日期：2019年2月17日——2019-Week8

主要内容：

这篇文章考虑到ATAC-seq实验的人工误差提出了第一个转录因子足迹的分析方法——HINT-ATAC，使用位置依赖模型探究转座酶的裂解偏好，观察到由局部核小体结构决定的转录因子结合位点周围的特异剪接模式，因此，HINT-ATAC可以更好的预测转录因子的结合位点。

阅读全文 »

发表于 | 分类于 |
字数统计: 318 | 阅读时长 ≈ 1

题目：Destin: toolkit for single-cell analysis of chromatin accessibility

DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz141
杂志/日期： Bioinformatics, 01 March 2019
关键词： scATAC-seq，GWAS
分类：「工具」
日期：2019年2月10日——2019-Week7

主要内容：

「Destin」用于scATAC-seq分析的一个R工具包，其中的一个亮点是分析GWAS结果是否与特定细胞类型集群中染色质可及性的增加有关，这里他们采用的是最初用于scRNA -seq表达的两种方法:ECWE和MAGMA。除此之外还包括：

  • 从bam文件获取实验信息
  • peaks的注释区域
  • 质控
  • 确定分群数量
  • 差异可及性染色质
    （其中输入文件是peaks，cell的bam文件）
阅读全文 »

发表于 | 分类于 |
字数统计: 329 | 阅读时长 ≈ 1

日期：2019年1月13日——2019-Week2
分类：「工具」
题目：esATAC: An Easy-to-use Systematic pipeline for ATAC-seq data analysis
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty141
杂志：Bioinformatics，2018 Aug
关键词： ATAC; chromatin accessibility; transcription factor; regulatory network

介绍

之前介绍过中科大Kun Qu老师实验室开发的用于bulk ATAC-seq分析的工具包 —— 「ATAC-pipe」，虽然个人并不推荐依赖使用这种打包工具包。但是他们的分析方法和原理还是值得了解和学习的。这里再介绍一个ATAC-seq分析的工具包——esATAC，是由清华大学Xiaowo Wang老师实验室开发的一个R/Bioconductor包，它的功能包括如下几方面：

  • 原始数据的质控和比对
  • peak calling
  • 富集分析
  • 转录因子足迹分析
阅读全文 »

发表于 | 分类于 |
字数统计: 869 | 阅读时长 ≈ 3

日期：2019年1月6日——2019-Week1
分类：「工具」
题目：ATAC-pipe: general analysis of genome-wide chromatin accessibility
DOI: 10.1093/bib/bby056
杂志：Briefings in Bioinformatics
关键词： ATAC; chromatin accessibility; transcription factor; regulatory network

摘要

ATAC-pipe是中科大Kun Qu实验室开发的一个打包软件包，用于分析bulk ATAC-Seq。主要功能包括：

  • 鉴定显著差异的开放染色质区域
  • motif分析及相关的TFs对转录调控的影响
  • TF和motif的足迹分析以及核小体占位的可视化
  • 基于相关性的细胞聚类分析
  • 构建TF调控网络，评估TFs和基因间的相互作用
阅读全文 »