1. 学习目标

• 讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法
• 用ChIPQC产生质量统计报告
• 鉴定低质量数据的来源

学习目标：

• 探讨ChIP-seq数据质量低的来源
• 理解链交叉相关性（ strand cross-correlation）
• 使用phantompeakqualtools计算交叉相关性和其他相关的质控度量值
• 评估交叉相关图

学习目标：

• 学会用MACS2 call peaks
• 理解MACS2 call peaks的结果

这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。

• ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），因为线粒体DNA是裸露的，也可以被Tn5酶识别切割。
• 另外一点需要注意的是课程中给出的是单端比对的示例代码，如果是双端测序做相应更改即可。

学习目标

• 用FastQC进行质控检测
• 用Trimmomatic进行质量过滤
• 用Bowtie2比对，并理解相关参数含义

ATAC-Seq简介

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法， 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。

真核生物的核DNA并不是裸露的，而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体，核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构（如人的DNA链完整展开约2m长，经过这样的折叠就变成了纳米级至微米级的染色质结构而可以储存在小小的细胞核）。而DNA的复制转录是需要将DNA的紧密结构打开，从而允许一些调控因子结合（转录因子或其他调控因子）。这部分打开的染色质，就叫开放染色质，打开的染色质允许其他调控因子结合的特性称为染色质的可及性（chromatin accessibility）。因此，认为染色质的可及性与转录调控密切相关。
开放染色质的研究方法有ATAC-seq以及传统的DNase-Seq及FAIRE-seq等，ATAC-Seq由于所需细胞量少，实验简单，可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态，目前已经成为研究染色质开放性的首选技术方法。

Nat Methods, 2013. doi: 10.1038/nmeth.2688. Epub 2013 Oct.