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scRNA-seq分析流程大比拼
文章信息
题目：A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines
杂志：Nature Communication
时间：11, October, 2019
链接: https://doi.org/10.1038/s41467-019-12266-7
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文章介绍：
单细胞RNA-seq是单细胞领域较为成熟的技术，相关的实验方法和计算方法也不断被开发，面临着越来越多的方法和工具，如何选择合适的最佳流程呢？这篇文章从单细胞建库方法，比对、imputation、标准化和差异方法共评估约3000个组合流程。评价结果可以作为选择最佳分析流程的一个参考，不过所谓的最佳流程并不是以一概全指某个特定流程，而是要根据实际研究目的，选择合适的实验方法和分析方法。
另外还可以参考前不久发表的单细胞RNA-seq最佳分析流程：Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial (https://doi.org/10.15252/msb.20188746)
每日文献摘要：第25篇 2019年12月29日 周日