一句话评价
利用公共数据模拟免疫疗法的效应和耐药性
文章信息
题目：Large-scale public data reuse to model immunotherapy response and resistance
杂志：Genome Medicine
时间：26 February,2020
链接: https://doi.org/10.1186/s13073-020-0721-z
figure
文章介绍：
这是刘小乐老师实验室开发的一个网络平台——TIDE(http://tide.dfci.harvard.edu/login/) （很好奇为什么命名为TIDE，而且网站图标也是来自汰渍），用于推断调节肿瘤免疫的基因的功能，并评估预测免疫检查点抑制剂(immune checkpoint blockade,ICB)临床反应的标记物。
他们共处理了12项公开发表的ICB临床研究中的998例肿瘤的组学数据，以及8个已发表的用于鉴定参与调节淋巴细胞介导的肿瘤杀伤和免疫治疗的基因CRISPR筛选研究。其中ICB队列的临床数据共有188个肿瘤队列中的33000个样本，这些样本主要来自TCGA,METABRIC和PRECOG数据库，以及实验室内部数据。该网络平台的功能包括3个交互分析模块：将与肿瘤免疫逃逸相关的标记物进行排序，生成假设；然后通过AUC score 和生存曲线对标记物评估；最后根据标记物对患者分类。
对肿瘤免疫感兴趣的同学可以仔细研究下文章是如何整合公共数据的，以及利用该平台为课题提供一些新思路。