scRNA-seq最佳实践分析教程

一句话评价

scRNA-seq目前最佳实践分析教程

文章信息

题目：Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial

杂志：Molecular systems biology

时间：Jul. 13, 2019

链接: doi: http://dx.doi.org/10.1101/701680

figure

文章介绍

这篇文章通过对单细胞方法的总结，提出了一个目前最佳的实践分析流程，代码在https://github.com/theislab/single-cell-tutorial。

单细胞上游分析：raw data 经过处理得到Count 矩阵，然后进行质量控制，标准化，数据矫正，特征选择和可视化

单细胞下游分析：聚类，marker基因的鉴定，注释，轨迹预测，差异基因，基因调控网络，模块组成等

常见平台：

• 命令行平台：
  • Scater
  • Seurat
  • Scanpy
• 图形用户交互平台：
  • Granatum
  • ASAP
  • FASTGenmics

常用的方法工具：

• Scater: https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scater/inst/doc/vignette-intro.html
• Seurat:https://satijalab.org/seurat/vignettes.html
• Scanpy: https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials.html

教程：

• Analysis of single-cell RNA-seq data with R and Bioconductor

  • https://github.com/drisso/bioc2016singlecell

• Analysis of single cell RNA-seq data

  • https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/index.html
• Current best-practices in single-cell RNA-seq: a tutorial
  • https://github.com/theislab/single-cell-tutorial

碎碎念

方法更新太快，这里推荐的最佳流程不一定在任何时候都适合，还是要根据目的和具体情况选择

每日文献摘要：第6篇 2019年09月20日 周五