单细胞技术发展的如火如荼，实验方法、算法、分析工具不断迭代更新和完善。瑞典Karolinska Institute 的Rickard Sandberg实验室14年发表了Smart-seq和Smart-seq2，是至今较为流行的单细胞实验方法之一，由于其具有全长转录本覆盖度的优点，由此可以用于研究可变剪接、变异、等位基因、转录本亚型等转录后调控。但是由于其通量低，价格较贵，限制了其广泛的推广应用。而10X Genomics的出现，由于通量高，价格低，迅速占领了单细胞技术的大部分市场。
Smart-seq3相比Smart-seq2具有什么改进呢？
最显著的改进特点就是整合了5‘-UMI定量计数的策略，使通量大幅提高。同时还保留Smart-seq2的优点，就是全长转录本的覆盖度。因此，依然在等位基因和转录本亚型层次上具有巨大的应用。
一句话评价
Smart-seq3——等位基因和亚型分辨率的单细胞RNA 计数
文章信息
题目：Single-cell RNA counting at allele- and isoform-resolution using Smart-seq3
杂志：bioRxiv
时间：Oct. 25, 2019
链接: https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2019/10/25/817924.full.pdf
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文章介绍：
瑞典Karolinska Institute 的Rickard Sandberg实验室于10月25日在bioRxiv上发表了Smart-seq3，在等位基因和转录本亚型的研究中具有独特的优点。为大家熟知的Smart-seq2也是由Rickard实验室开发，具有全长转录本的覆盖度的优点，可以进行等位基因表达谱分析等问题，但是由于通量低，价格昂贵，应用推广也受到一定的限制。Smart-seq3针对Smart-seq2的限制性特点做了改进，依然保留全长转录本覆盖度的优点，同时结合5‘ UMI（unique molecular identifier）的RNA计数策略，与Smart-seq2相比通量显著提高，可以达到每个细胞比Smart-seq2多检测出上千个基因。
另外与全长转录本测序相比，虽然长read测序技术可以直接定量等位基因和亚型的表达水平，但是测序深度阻碍了其大范围应用。而Smart-seq3不仅克服了Smart-seq2的缺点，也克服了长读长测序的缺点，采用灵敏的短读长测序、整合5‘UMI和全长转录本覆盖度的优点，可以在单细胞层面上检测等位基因和亚型的变化，通量显著提高，且价格合理（一个测序细胞文库成本约为0.5-1欧元），可以在普通的分子实验室实现该protocol (dx.doi.org/10.17504/protocols.io.7dnhi5e), 不需要特殊的设备。
期待其他实验室对该方法的尝试和验证，预测该方法在转录后调控研究中将有巨大潜在的应用。
每日文献摘要：第12篇 2019年10月27日 周日
捧一杯咖啡，听着咖啡屋淡淡的音乐，打开电脑，专注工作～时光静好