一句话评价
学习scATAC-seq的必读文献
文章信息
题目：Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion
杂志：Nature biotechnology
时间：August, 2019
链接: https://www.nature.com/articles/s41587-019-0206-z
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文章介绍：
利用商业化10X Genomics平台进行scATAC-seq测序，同时研究健康人的血液细胞发育和肿瘤内T细胞的耗竭。共得到200,000个单细胞的染色质可及性图谱。
在血液细胞发育中的应用，得到的结果包括：
- 鉴定到细胞特异的cis- 和trans调控元件
- 疾病相关的enhancer活动
- 细胞分化发育轨迹
在肿瘤基底细胞中的应用，结果包括：
- 构建了肿瘤微环境中的基底细胞、恶性细胞和免疫细胞的调控网络
- 发现一些染色质调控因子或许可作为免疫治疗的靶标
碎碎念
William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang合作的又一篇巨作文章，值得细细解读，一是学习scATAC-seq的分析方法，重现文章的部分分析；二是总结文章思路，思考如何利用该数据资源做进一步挖掘，对其他课题的借鉴意义
数据资源：scATAC-seq处理前的数据和处理后的数据都提供在10X平台
每日文献摘要：第4篇 2019年08月27日 周二