提取fastq文件中的序列信息

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目标

提取fastq文件中的序列信息，并输出为一行

方法一：paste + cut实现

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head CH2500.fq | paste - - - - | cut -f 2 | paste -d '' -s

  • paste - - - - 将fastq的每4行转化为列，并以空格分割；cut -f 2提取第二列信息，即之前的第二行信息，序列信息，然后再利用paste ，-d指定分隔符为无，-s` 合并为一行信息