单细胞层面解析鼠大脑甲基化图谱

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单细胞层面解析鼠大脑甲基化图谱

文章信息

题目：DNA Methylation Atlas of Mouse Brain at Single-Cell Resolution

杂志：bioRxiv

时间：April 30, 2020

链接: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.30.069377v1

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文章介绍：

哺乳动物大脑细胞在基因表达、解剖学和功能上是有显著差别的，但是目前为止对DNA对其调控作用知之甚少。这篇文章从鼠的45个脑区域，提取出110，294个细胞核，并对其进行单核DNA甲基化测序，从而探讨鼠大脑的甲基化图谱。文章发现了161个细胞群具有不同的空间位置和靶标。从特征基因、调控元件和转录因子的注释结果中观察到潜在的调控图谱支持了假定细胞类型的分配，并揭示了在兴奋性和抑制性细胞中重复使用调控因子来确定亚型。此外，文章中使用人工神经网络模型预测单个神经元细胞类型和脑区域空间位置。文章还通过整合DNA甲基化,单核染色质可及性和染色质高级结构的contracts数据，注释小鼠大脑中数百种细胞类型的调控基因组。为整个小鼠大脑神经元多样性和空间组织奠定了表观遗传学基础。

• 数据：https://portal.nemoarchive.org/

• 可视化：http://neomorph.salk.edu/mouse_brain.php

• 代码： https://cemba-data.readthedocs.io/en/latest/

  • https://github.com/lhqing/mouse_brain_2020

个人评价：

单细胞脑组织图谱，在最近两年有多篇研究被报道过，不仅包括鼠，人的脑细胞图谱也有相关文章发表。这篇文章的独特之处在于研究甲基化图谱，同时结合多组学技术，构建大脑更全面表观图谱。随着单细胞技术飞入寻常百姓家，可以看出单细胞多组学的结合是近期的一个发展方向。