生信拾光


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机器学习在生物医学中的应用

发表于 2020-04-18 |
字数统计: 776 | 阅读时长 ≈ 3

文章信息

题目:How Machine Learning Will Transform Biomedicine

杂志:Cell

时间:April 2,2020

链接: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.03.022

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接纳自己的不完美

发表于 2020-04-12 |
字数统计: 378 | 阅读时长 ≈ 1

《心灵捕手 Good Will Hunting 》(1997)

豆瓣剧情简介

麻省理工学院的数学教授蓝波在席上公布了一道困难的数学题,却被年轻的清洁工威尔(马特·戴蒙 饰)解了出来。可是威尔却是个问题少年,成天和好朋友查克(本·阿弗莱特 饰)等人四处闲逛,打架滋事。当蓝波找到这个天才的时候,他正因为打架袭警被法庭宣判送进看守所。蓝波向法官求情保释,才使他免于牢狱之灾。蓝波为了让威尔找到自己的人生目标,不浪费他的数学天赋,请了很多心理学专家为威尔做辅导,但是威尔十分抗拒,专家们都束手无策。无计可施之下,蓝波求助于他大学的好友,心理学教授尚恩(罗宾·威廉姆斯 饰),希望能够帮助威尔打开心房。经过蓝波和尚恩的不懈努力,威尔渐渐敞开心胸,而好友查克的一席话,更是让他豁然开朗。

这部电影从表面上可以归类为心里咨询与教育的影片,我更喜欢这部电影映射出的人与人之间相处与交流的原则:彼此坦诚,才可以赢得信任,进而走进对方的内心。以及每个人应该学会与内心的自己相处,正面认识自己,接纳自己的不完美。

基于微生物组学数据的深度表征学习预测疾病

发表于 2020-04-12 | 分类于 literature |
字数统计: 606 | 阅读时长 ≈ 2

一句话评价

深度表征学习在疾病预测中的应用

文章信息

题目:DeepMicro: deep representation learning for disease prediction based on microbiome data

杂志:Scientific Reports

时间:7 April, 2020

链接: https://www.nature.com/articles/s41598-020-63159-5

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提取fastq文件中的序列信息

发表于 2020-03-30 |
字数统计: 96 | 阅读时长 ≈ 1

目标

提取fastq文件中的序列信息,并输出为一行

方法一:paste + cut实现

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head CH2500.fq | paste - - - - | cut -f 2 | paste -d '' -s

  • paste - - - - 将fastq的每4行转化为列,并以空格分割;cut -f 2提取第二列信息,即之前的第二行信息,序列信息,然后再利用paste ,-d指定分隔符为无,-s` 合并为一行信息

肿瘤免疫治疗研究的平台——TIDE

发表于 2020-02-29 |
字数统计: 382 | 阅读时长 ≈ 1

一句话评价

利用公共数据模拟免疫疗法的效应和耐药性

文章信息

题目:Large-scale public data reuse to model immunotherapy response and resistance

杂志:Genome Medicine

时间:26 February,2020

链接: https://doi.org/10.1186/s13073-020-0721-z

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