发表于 | 分类于 |
字数统计: 627 | 阅读时长 ≈ 2

scRNA-seq的上游处理与bulk RNA-seq有相似的地方，也有不同的地方。相似的地方如：对原始数据的质控检测、去除低质量的reads、adpter、比对。不同的地方如scRNA-seq数据有的需要考虑Demultiplexing。而且scRNA-seq根据采用的不同的protocols，产生的数据和处理方法也有不同。

这里提供的练习数据是SMART-seq2建库，SMRT-seq2建库的测序数据上游分析与bulk RNA-seq相似，如这节课内容中的分析方法：

  • FastQC 对原始数据进行质控检测
  • Trim Galore 质控
  • STAR或Kallisto比对
阅读全文 »

发表于 | 分类于 |
字数统计: 392 | 阅读时长 ≈ 1

一句话评价

胰腺导管癌(PDAC)异质性和恶性发展的单细胞研究

文章信息

题目：Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma

杂志：Cell Research

时间：04 July 2019

链接: https://www.nature.com/articles/s41422-019-0195-y

figure

阅读全文 »

发表于 | 分类于 |
字数统计: 1.4k | 阅读时长 ≈ 5

Bulk RNA-seq与scRNA-seq的优势和局限性

Bulk RNA-seq

  • 20世纪末即芯片技术后的又一个突破性技术，之后被广泛应用，逐渐替代芯片
  • 评估测量一个大群体内所有细胞的平均表达量水平
  • 适用于比较转录组学，如不同物种相同组织的不同样本间的转录表达差异比较；或者用于评估疾病等表达量特征
  • 不适用于研究系统的异质性，如早期胚胎发育、复杂组织（脑）
  • 不能提供基因表达量的随机特征

scRNA-seq

  • 2009年出现 (Tang et al. 2009)
  • 伴随着新的protocols和测序成本的降低，2014年左右被广泛推广
  • 适用于检测一群细胞的表达量分布水平；细胞特异性变化等（如鉴定细胞类型、细胞应激的异质性，基因表达的随机性、推测细胞间的基因调控网络
  • 数据集从102～ 10 8细胞，且逐年增长
  • 目前的使用的protocols：SMART-seq2 (Picelli et al. 2013), CELL-seq (Hashimshony et al. 2012) and Drop-seq (Macosko et al. 2015)
  • 商业平台：Fluidigm C1, Wafergen ICELL8 and the 10X Genomics Chromium
  • Bulk RNA-seq的一些方法也适合于scRNA-seq，大多情况需要新的方法
阅读全文 »